Parmi les nombreux prototypes réalisés par Bertone au cours des années 90, rappelons la Karisma, une élégante 4 places sur base Porsche 911.

Autres prototype de Bertone des années 90 : la Kayak, un coupé raffiné sur base Lancia Kappa.

Le 26 février 1997, à la veille du Salon de Genève, Nuccio Bertone meurt.
Au cours du Salon de Genève, le monde de l'automobile et du car design rendent hommage au "Maitre" qui a créé des chefs-d'œuvre d'une beauté absolue.
Ses filles, qui étaient déjà présentes depuis quelques années dans l'entreprise à côté de leur père, se chargent de la continuité et se consacrent efficacement à deux secteurs stratégiques du groupe. Marie - Jeanne Bertone, qui a une formation d'architecte suit le domaine créatif et Barbara Bertone, de formation économique, suit le secteur de la production et des finances. L'ingénieur Paolo Caccamo, responsable depuis plus de 20 ans de la gestion de l'entreprise, a été nommé en mai 1997 président de Carrozzeria Bertone S.p.A.

Au cours des mois qui suivent immédiatement, Bertone signe deux importants accords avec BMW et OPEL qui donnent lieu à partir de fin 1999, aux modèles que Bertone produira au début du nouveau millénaire.
Déjà en 1998, Bertone s'était investi pour BMW en présentant à Genève le Pickster.

Ce véhicule futuriste singulièrement tourné vers le marché américain est un pick-up de course orienté sport et loisirs et mû par un moteur de BMW M3.

Pour BMW, Bertone produit un véhicule révolutionnaire à deux roues, qui se conduit avec les ceintures bouclées et qui est en mesure d'offrir un confort et une sécurité appropriés.

Grâce à ses caractéristiques de sécurité innovatrice, Le BMW C1 a obtenu en Allemagne l'homologation à la conduite sans obligation du casque.

Pour OPEL, Bertone produit une version OPEL ASTRA cabriolet et OPEL ASTRA coupé.

Chef d'orchestre comme il se définissait lui-même, Nuccio Bertone a brillamment réussi le passage de son entreprise au stade industriel. Celle-ci forme actuellement un groupe de 4 sociétés, dont les principales sont Carozzeria Bertone, pour la production, et Stile Bertone (conception, design et style). Le groupe emploie 1500 salariés et réalise un chiffre d'affaire d'environ 360 millions de dollars.
Le groupe Bertone se présente ainsi au seuil de l'an 2000 avec de nouvelles structures, de nouvelles réalisations et de nouveaux programmes ambitieux qui s'encadrent bien dans la vision globale, qui caractérise le nouveau cours de l'automobile, aussi bien sur la plan de la conception que de la production.